Automatic BLAST for Massive Sequencing - ABMS
Cristian Alejandro Rojas Quintero
Steven Sierra Forero
Abstract:
This article presents and evaluate ABMS ( Automatic Blast for massive sequencing) a free online bioinformatic tool designed with the purpose to automate and optimize the search process through local aligments for big volumes comparison of unknown nucleotide sequences or aminoacids against well known sequence databases ( Swissprot,Uniprot,Refseq, among others). ABMS integrates processes of : management of input sequences, proteome databases management, genome and transcriptome, BLAST execution (blastp,blastx,blastn,tblastn) and results management and presents to the biologist as an unified process, transparent and friendly through a web interface. ABMS is composed by the following modules: SM(Sequence Manager), LBS( Local Blast Server), SDBA( Sequence database administrator), RM (Results Manager). Comparing ABMS with the local NCBI’s BLAST server using 10, 20, 40, 100, 200, 500 sequences belonging to the Diploria Strigosa transcriptome we found the strenght of ABMS for the massive sequence analysis and the limitations of NCBI's BLAST for datasets with more than 20 sequences. We observed advantages from ABMS against NCBI BLAST related to management and storage of datasets, download and feedback of results.
In Spanish:
En este artículo se presenta y evalúa ABMS (Automatic BLAST for Massive Sequencing) una herramienta bioinformática libre, en línea, diseñada con el objetivo de automatizar y optimizar el proceso de búsqueda mediante alineamientos locales para la comparación de grandes volúmenes de secuencias desconocidas de nucleótidos o aminoácidos contra bases de datos de secuencias conocidas (Swissprot, Uniprot, Refseq, entre otras). ABMS integra los procesos de: gestión de secuencias de entrada, gestión de bases de datos de proteomas, genómas y transcriptómas, ejecución de BLAST (blastp, blastx, blastn, tblastn) y administración de resultados; y los presenta al biologo cómo un proceso unificado, transparente y muy amigable mediante una interfaz web. ABMS está constituido por los siguientes modulos: SM (Sequence manager), LBS (Local BLAST Server), SDBA (Sequence database administrator), RM (Results manager). Al comparar ABMS frente al servidor de BLAST de NCBI utilizando 10, 20, 40, 100, 300, 500 secuencias pertenecientes al transcriptoma de Diploria Strigosa se evidenció la fortaleza de ABMS para el análisis masivo de secuencias y las limitaciones de NCBI BLAST para data sets de mas de 20 secuencias. También se observaron ventajas de ABMS frente NCBI BLAST en cuanto a administración y almacenamiento de data sets y gestión, descarga y retroalimentación de resultados.